- 故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”,宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路,为了夺回宙域,地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F,潜入Thunderbolt宙域,向狙击手发起了挑战。
- 故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年,当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们,此时菅山遭到不明人士的袭击,GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。